少女战士法尼娅遇到了名为“导师”的失忆少年，两人共同展开旅程，逐渐揭开敌人——“异生体”的秘密。与此同时也发现了“某个神秘势力”隐藏在这之后想要操控少女战士“斯露德”的人生。她们决定奋起反抗，净化土地，夺回天空，夺回人类的生存空间。