故事讲述日本海洋研究开发机构「JAMSTEC」的潜水调查船「深海6500」，天谷深雪（有村架纯）属於当中的调查队，她的父亲厚志是驾驶员兼研究者，她小时候听到父亲有关深海的事後，决定以探索海洋为目标，在她的父亲病死後，深雪以驾驶员候补生身份每日工作着。 某天她有机会乘上「深海6500」，而JAMSTEC也大力宣传首个日本女性驾驶员诞生，然而在潜航前深雪在父亲的储物柜发现一盒录影带，内有看到深海未知巨大生物的船员的恐怖影像，也有她父亲最後的身影，之後恐怖真的袭来，深雪能否从黑暗的深海安全回来？